La flora e la fauna terrestre dell’Arcipelago Toscano dipendono da vari fattori quali ad esempio le caratteristiche geografiche delle diverse isole (dimensione, morfologia, presenza di corsi d’acqua, distanza dalla costa toscana o da Sardegna e Corsica).
Un altro fattore è la storia geologica. In occasione delle glaciazioni e del conseguente abbassamento del livello marino, si sono infatti creati dei collegamenti tra alcune isole e la costa Toscana. Questi ponti continentali sono stati utilizzati da alcune specie animali per colonizzare in epoche remote le isole.
La varietà geologica è inoltre fondamentale per lo sviluppo di un determinato habitat adatto a particolari specie vegetali e animali.
Per le specie animali che possono attraversare i bracci di mare che separano le isole da Corsica, Sardegna e costa toscana, come ad esempio le farfalle, il popolamento animale dell’Arcipelago è condizionato anche dalla ricchezza della fauna delle aree vicine.

Un altro fattore da tenere presente è il grado di antropizzazione. In alcune isole infatti l’uomo ha introdotto nuove specie animali, come nel caso degli ungulati (muflone e cinghiale) all’isola d’Elba, causa ancora oggi di ingenti danni agli ecosistemi e di conseguenza alla fauna originaria.
Importante anche il ruolo delle isole toscane per molte specie di uccelli migratori che trovano nell’Arcipelago Toscano un importante punto di sosta.