All’Isola del Giglio il Parco Nazionale si estende nella zona sud occidentale per una superficie di 9,1 kmq pari al 40% del territorio. L’area protetta non comprende le acque circostanti. Per conoscere la zonazione e le attività regolamentate consultare il Piano del Parco. La Comunità Europea ha inserito tutta l’isola nella rete di siti di importanza naturalistica denominata Rete Natura 2000 classificati come Zona Speciale di Conservazione (ZSC) e Zona di Protezione Speciale (ZPS).