Il numero delle specie vegetali introdotte nell'Arcipelago Toscano è nettamente superiore rispetto a quelle animali. Spesso infatti le piante si propagano dai giardini nei quali vengono introdotte a scopo ornamentale. Tra le specie vegetali aliene invasive una delle maggiori emergenze mondiali è l'Ailanto (Ailanthus altissima). Si tratta di un albero originario della Cina, delle isole Molucche e del Vietnam del Nord introdotto in Europa a partire dal 1743. E' una specie pioniera che colonizza aree denudate, preferibilmente quelle antropizzate e degradate, ma si trova anche in habitat naturali e seminaturali, nei quali riesce ad interrompere la naturale successione. Il Parco Nazionale nell'ambito del Progetto LIFE Montecristo 2010 è intervenuto eliminando quasi completamente questa specie dall'Isola di Montecristo ). Nell'ambito del medesimo progetto sono state eliminate del tutto da Pianosa le specie aliene invasive Acacia pycnantha, Acacia saligna, Carpobrotus acinaciformis e non del tutto Senecio angulatus e Ailanthus altissima. Con il progetto Resto con Life è stata fortemente ridotta la presenza delle specie aliene invasive Carpobrotus spp., opuntia phaeacantha, mesembrianthemum cordifolium, senecio angulatus a Giannutri e di Eucalyptus camaldulensis. E' stata invece del tutto eliminata da Pianosa la specie aliena invasiva casuarina equisetifolia