L’isola di Giannutri è raggiungibile per tutto l’anno con un’ora di navigazione partendo da Porto Santo Stefano (GR) con la compagnia di navigazione Maregiglio. I collegamenti marittimi sono ridotti durante l’inverno e giornalieri durante la stagione estiva, con partenza e rientro in giornata.

Nel periodo primaverile ed estivo diversi vettori organizzano mini crociere giornaliere per visitare l’isola.