Nelle acque dell'Arcipelago Toscano è possibile osservare balene o delfini, occasionalmente si possono scorgere persino dalla costa. La specie che si può avvistare più facilmente nelle immediate vicinanze delle isole è senza dubbio un delfino, il Tursiope. L'altra specie di delfino maggiormente presente, ma che predilige mantenere una maggiore distanza dalla costa, è la Stenella striata. Queste due specie di delfino, appartenenti al sottordine degli odontoceti (cetacei con i denti), si possono avvistare tutto l'anno e, nel caso dei Tursiopi, sembra che gravitino per la maggior parte del tempo nelle medesime aree. La terza specie più frequente è la Balenottera comune, appartiene al sottordine dei misticeti e si può osservare soprattutto ad inizio e fine estate quando diversi esemplari transitano nell'Arcipelago Toscano in direzione del Mar Ligure o provenienti da quella zona. In quest'area si creano condizioni uniche per il Mediterraneo: correnti profonde e conseguenti fenomeni di trasporto verticale dei nutrienti permettono lo sviluppo di molti organismi marini tra cui quelli di cui si cibano i cetacei che in quest'area sono infatti più abbondanti che nelle aree limitrofe. In particolare la Balenottera comune trova grandi quantità del cosiddetto Krill, particolari gamberetti della specie Meganyctiphanes norvegica che rappresentano il cibo preferito da questi grandi mammiferi marini. Proprio per queste caratteristiche il Mar Ligure fa parte del Santuario Internazionale dei Mammiferi Marini Pelagos che include anche l'Arcipelago Toscano e la Corsica. Istituito nel 1999 con un accordo internazionale tra Francia, Principato di Monaco e Italia è un'area di tutela transfrontaliera di 87.500 kmq. I tre Paesi firmatari si impegnano a tutelare i mammiferi marini di ogni specie ed i loro habitat proteggendoli dagli impatti negativi diretti o indiretti delle attività umane. Oltre a Tursiope, Stenella e Balenottera comune nell'Arcipelago Toscano, anche se in maniera più sporadica, è possibile osservare il più grande odontoceto, il Capodoglio. Nella zona centrale del Santuario Pelagos e più raramente nelle isole toscane è costante la presenza di 8 specie di cetacei. Oltre alle 4 specie già citate si possono osservare anche Zifio, Globicefalo, Grampo e Delfino comune. Del tutto occasionale è invece la presenza nel Santuario Pelagos di altre 11 specie: Balenottera minore, Orca, Cogia, Steno, Pseudorca, Mesopodonte di Blainville, Mesopodonte di Sowerby, Mesopodonte europeo, Balenottera boreale, megattera e Iperodonte. A prescindere dalla presenza più o meno costante nelle acque dell'Arcipelago Toscano l'avvistamento di questi affascinanti mammiferi marini necessità in ognib caso di condizioni meteo favorevoli, in particolare mare calmo, e molta pazienza vista la vastità dell'ambiente in cui i cetacei si muovono e le frequenti immersioni che effettuano sottraendosi alla vista degli osservatori. Una volta che si avvista un cetaceo è importante per l'osservazione attenersi rigidamente al codice di condotta adottato a livello internazionale al fine di non disturbare gli animali. Per quanto riguarda poi la possibilità di osservare balene e delfini da terra, in diverse occasioni esemplari di Balenottere comuni sono entrati, probabilmente a causa di una perdita dell'orientamento, all'interno della rada di Portoferraio. In particolare del 2007 in due occasioni (25 maggio e 6 giugno) questi mammiferi marini si sono fatti a lungo fatti ammirare nella loro maestosità arrivando addirittura a lambire i moli di attracco delle navi e destando grande ammirazione da parte delle persone che hanno avuto la fortuna di osservarle. Al fine di aiutare gli appassionati di natura al riconoscimento delle diverse specie di cetacei il Parco Nazionale ha realizzato, nell’ambito della collana “I quaderni del parco”, la pubblicazione “Cetacei dell'Arcipelago Toscano”.