L’Arcipelago Toscano è ricco di endemismi animali. Si tratta nella maggior parte dei casi di invertebrati. Gli studi su questo enorme gruppo animale, anche a causa delle ridotte dimensioni della maggior parte delle specie e della difficoltà di osservazione, risultano particolarmente complessi. In particolar modo talvolta è così difficile identificare una specie che sono necessarie specifiche indagini genetiche. Il popolamento animale dell'Arcipelago Toscano viene suddiviso dagli zoologi in 3 contingenti. Quello più antico è rappresentato da specie legate a climi caldi, con molti elementi in comune con Sardegna e Corsica. Un secondo contingente, di cui fanno parte animali legati ad ambienti più freddi, sarebbe giunto nell'Arcipelago durante le glaciazioni dalle aree appenniniche. Il contingente più recente è rappresentato dalle specie importate, volontariamente o in modo accidentale, dall'Uomo in epoca storica. Gli endemismi appartengono ai primi due contingenti. Si tratta cioè di endemismi sardo-corsi, specie cioè che si trovano esclusivamente nelle isole ed in sardegna e Corsica oppure endemismi tirrenici, presenti cioè solamente nelle isole Toscane e sulle zone continentali vicine. Esiste poi un terzo tipo di endemismo, in cui la specie animale vive solamente su un'isola o in una parte di essa.
