Il Parco Nazionale Arcipelago Toscano si estende a mare su una superficie di 615,9 kmq che rappresenta il 22,2%, circa un quinto, dell’intera superficie protetta a mare in Italia.
In particolare si tratta di 168,4 kmq all’Isola di Capraia, 149,2 kmq all’Isola di Gorgona, 144,5 kmq all’Isola di Montecristo, 107,6 kmq all’Isola di Giannutri e 45 kmq all’Isola di Pianosa.

In queste aree si trovano diversi habitat di interesse conservazionistico che si sviluppano in relazione alle caratteristiche del fondale marino come l’inclinazione e la natura del substrato (sabbioso, roccioso etc).

Nel caso in cui sia presente un’ampia zona di bassofondo si possono sviluppare le prateria di Posidonia oceanica caratterizzate da elevati livelli di biodiversità.

Un altro habitat diffuso è quello dei fondali duri con biocostruzioni coralligene formate principalmente da alghe rosse calcaree come Lithophyllum e Peyssonnelia. Queste scogliere ospitano una ricca biodiversità di alghe, spugne, molluschi, crostacei, echinodermi e numerose specie di pesci, come labridi, serranidi e sparidi.

Nelle acque protette del Parco Nazionale sono inoltre frequentate da numerose specie di interesse conservazionistico tra cui alcune più frequenti come i cetacei ed altre occasionali come la foca monaca.

Tra le specie più interessanti dal punto di vista naturalistico che vi sono gli uccelli marini, in particolar modo il raro Gabbiano corso, che appare anche nel simbolo del Parco, le cui colonie di nidificazione vengono continuamente monitorate.