L’Arcipelago Toscano possiede un patrimonio naturalistico unico al mondo tutelato da varie forme di protezione.

Nel 1979 la Comunità Europea, attraverso la Direttiva 79/409/CEE, ha individuato in questo territorio 18 siti di importanza naturalistica inserendoli nella rete NATURA 2000, una rete ecologica finalizzata al mantenimento a lungo termine degli habitat naturali e delle specie di flora e fauna minacciati o rari a livello comunitario.

Nel 1996 è stato istituito il Parco Nazionale Arcipelago Toscano il cui territorio è totalmente inserito nel Santuario “Pelagos” per la protezione dei Mammiferi Marini, area marina protetta internazionale di circa 87.500 kmq  tra Italia, Francia e Principato di Monaco, dal 2001 riconosciuta come Area Specialmente Protetta di Importanza Mediterranea (ASPIM) nell’ambito della Convenzione di Barcellona. Si tratta di un’area caratterizzata da un’elevata biodiversità che comprende, oltre a balenottere, capodogli e delfini circa 8.500 specie di animali marini.

Nell’ambito del Programma dell’UNESCO “Man and Biosphere” (MAB), programma scientifico intergovernativo che ha l’obiettivo di porre le basi scientifiche per il miglioramento della relazione tra uomo e ambiente, nel 2003 è stata riconosciuta la Riserva della Biosfera Isole di Toscana gestita dal Parco Nazionale.

La validità delle azioni di conservazione naturalistica realizzate negli anni dal Parco Nazionale è stata riconosciuta nel 2021 con l’inserimento nella prestigiosa Green List redatta dalla IUCN (Unione internazionale per la conservazione della natura).