Una delle attività principali a cui possono dedicarsi i visitatori di Capraia con più soddisfazione è senza dubbio il trekking. L’isola è ideale per gli escursionisti che amano immergersi nella natura selvaggia. La maggior parte del territorio è infatti priva di insediamenti abitativi. Per questo camminare a Capraia è un’esperienza unica. Per la sua morfologia e la scarsa antropizzazione l’Isola di Capraia risulta particolarmente adatta alle attività escursionistiche. Il Parco gestisce una rete sentieristica di circa 20 km.  Si cammina immersi nella natura incontaminata, sospesi tra cielo e mare. La bassa vegetazione, i dislivelli e le coste alte creano un paesaggio aspro e suggestivo che necessitano però un’adeguata preparazione dell’escursione. Si percorrono antiche e panoramiche vie di comunicazione realizzate da militari per raggiungere le loro postazioni, pastori per accedere ai pascoli montani, agricoltori per coltivare i fianchi dei rilievi e le zone pianeggianti. Nella parte settentrionale esiste poi una viabilità relativamente più recente, funzionale alla gestione della colonia agricola penale ormai dismessa. L’isola è montuosa per cui la maggior parte degli itinerari presentano discreti dislivelli. Inoltre la bassa macchia mediterranea presente ovunque spesso non protegge gli escursionisti dall’esposizione diretta ai raggi solari. Anche per questi motivi è importante fare attenzione al rispetto alle regole che consentono di camminare in sicurezza. La rete sentieristica di Capraia è costituita da 16 sentieri con relativi collaterali. Unendo diversi sentieri si possono visitare i luoghi più spettacolari. I due principali e impegnativi itinerari ad anello sono il percorso dello Zenobito e il percorso dello Stagnone, rispettivamente nella zona meridionale e centrale dell’isola. Non così impegnativo il percorso della Torre della Regina che consente di visitare l’ex area carceraria nella parte settentrionale. Infine due itinerari più brevi, tra i pochi che consentono di raggiungere la costa : percorso di Cala dello Zurletto, percorso di Cala del Ceppo. Nell’area portuale si può visitare il CEA centro di educazione ambientale “La Salata” con allestimenti multimediali in realtà virtuale e applicazioni interattive che consentono di rivivere la formazione geologica  dell’Arcipelago Toscano, conoscere le opportunità di fruizione attraverso la rete sentieristica oltre ad ammirare uno specifico allestimento dedicato al Santuario Internazionale dei Mammiferi Marini “Pelagos”. Il centro è anche punto di riferimento per le numerose attività organizzate dal Parco consultabili nel catalogo “vivere il parco” come visite guidate sui sentieri e a mare con escursioni in barca e attività di seawatching. Per gli amanti del nuoto e dello snorkeling, subito sotto il paese, è presente il Miglio Blu, un corridoio di 1100 m delimitato da 22 boe riservato alla balneazione in sicurezza. Tra il porto e il paese, parallelo alla strada asfaltata, è inoltre liberamente accessibile il percorso botanico. Nell’area del paese è invece presente un percorso culturale sulle antiche tradizioni agricole dell’isola alla scoperta dei palmenti, vasche scavate nella roccia destinate alla produzione del vino. All’interno della chiesa di Sant’Antonio è inoltre allestita una mostra archeologica.