L’edificio sede del nuovo spazio espositivo fu costruito nel periodo cosiddetto Ponticelliano – Ponticelli fu Direttore del carcere di Pianosa tra il 1871 e il 1881 – e certamente terminato prima del 1875, come documenta una stampa che reca questa data e che mostra l’edificio portato a compimento. La Casa dell’Agronomo non fu edificata, in realtà, per il solo Agronomo, figura che in effetti vi risiedeva, ma anche per ospitare altri dipendenti della Colonia Penale Agricola. Si tratta certamente di uno degli edifici più pregevoli dell’intera Pianosa, edificato, in base al gusto dell’epoca, in stile eclettico, con elementi decorativi che si ritrovano in diversi fabbricati dell’isola quali il Forte Teglia e il Palazzo della Specola.
La Casa dell’Agronomo è stata restaurata e allestita come museo anche grazie ai ticket di accesso all’isola versati al Parco dai suoi tanti visitatori nel periodo 2000 – 2021 che ammontano a 1.114.386 euro. L’intervento è costato molto di più, circa 2 milioni di euro, ma senza il contributo dei visitatori il Parco non avrebbe mai avuto le risorse per completare l’opera. Completati gli interventi di recupero, è stata aperta la pubblico il 26 agosto 2022. Il museo racconta la storia di Pianosa, il carcere e l’agricoltura, la figura dell’Agronomo. Illustra con pannelli, video interattivi e percorsi sonori la biodiversità agricola, le caratteristiche naturali dell'isola ed il periodo storico che ha cambiato profondamente l’isola, compresa la sua trasformazione con l’insediamento della citata colonia penale agricola.
