E' la seconda isola, dopo, l'Elba in ordine di grandezza nell'Arcipelago, con una superficie di 21,2 kmq.   Tra le più meridionali delle isole di Toscana, l'isola del Giglio si trova a circa 15 km ad Ovest del Monte Argentario, a 14 km dall' isola di Giannutri e a 43 km da Montecristo. Presenta una forma allungata, con l'asse maggiore con direzione NNO - SSE  lungo circa 9 km e l'asse minore di circa 4 km. Lungo la maggiore direttrice si trova anche la dorsale dei rilievi isolani, una piccola catena di rilievi  che culmina con il Poggio della Pagana a 496 metri sul livello del mare.

La natura delle rocce è prevalentemente granitica a causa di un plutone  magmatico originatosi circa cinque milioni di anni fa, mentre un frammento con ben più antiche rocce sedimentarie e metamorfiche coincide col promontorio del Franco sul versante occidentale, nei cui pressi si trovano alcuni giacimenti di minerali ferriferi  in passato oggetto di una piccola attività estrattiva. La flora isolana è rappresentata dalla tipica vegetazione mediterranea con ampie estensioni di macchia che va ricoprendo gli antichi terrazzamenti vignati ed alcuni boschi a leccio situati prevalentemente sui versanti settentrionali. Per quanto riguarda la fauna terrestre  non vi sono vistose presenze: sono presenti piccoli roditori, il coniglio selvatico ed il muflone, introdotto recentemente. Da segnalare la presenza del Discoglosso sardo, timido e raro anfibio appartenente al gruppo Sardo- Corso. Più ricca è l'avifauna rappresentata da numerose specie stanziali e migratrici.

L'isola del Giglio è inclusa nella provincia di Grosseto e costituisce comune a se, con una popolazione di circa 1400 abitanti distribuita nei piccoli centri di Giglio Castello, l'abitato più antico e capoluogo, Giglio Porto, l'approdo isolano,  e nella frazione di Campese, presso la più vasta insenatura e spiaggia isolana.

Zone tutelate
• A terra: meno della metà del territorio (zona 2); inserite nel perimetro del Parco sono anche: le Scole, lo Scoglio del Corvo e le Isole della Cappa, il cui territorio è tutelato al 100% (zona 2).
• A mare: nessun tratto di mare è tutelato.