La più settentrionale (43°25'37'' lat. Nord) e la più piccola isola dell'Arcipelago (2,23 kmq) dista circa 37 km da Livorno, circa 40 da Capraia e 60 dalla Corsica; ha  uno sviluppo costiero di poco più di 5 km ed un'altezza  massima di 255 m slm  raggiunti nella vetta isolana di Punta Gorgona. Il suo territorio è  montuoso, con il versante occidentale più scosceso e quello orientale più dolce attraversato da tre piccole vallate: la più settentrionale di queste scende al mare presso la piccola spiaggia,  l'approdo denominato Scalo di Gorgona ed il Villaggio.

Dal punto di vista geologico l'isola è caratterizzata principalmente da antichi calcari, gneiss e micascisti e rocce ofiolitiche.

L'isola è abbastanza ricca d'acqua e vi si insedia una ricca vegetazione mediterranea caratterizzata da alcune leccete ed estesi boschi di pino d'Aleppo, che creano un suggestivo mantello verde che contrasta con il blu intenso del mare. L'isola è meta di numerosi piccoli uccelli migratori svernanti provenienti dal nord Europa ed è luogo di sosta e di riposo dei migratori che in primavera e a fine estate transitano sul mediterraneo. La fauna terrestre è rappresentata da piccole presenze mentre assai ricco è il mare che circonda l'isola.

Gorgona, inclusa nel territorio del comune di Livorno, attualmente popolata da circa 300 persone,  è sede dal 1869 di una colona penale agricola.

Zone tutelate
• A terra: il 100% del territorio (in maggior parte zona 1, in parte zona 2).
• A mare: la quasi totalità, all'eccezione di un corridoio d'attracco in corrispondenza di Cala Scalo, che si trova tra due fasce di zona 2. La maggior parte è zona 1. In zona 1 sono vietati l'accesso, la navigazione, la sosta, l'ancoraggio, la pesca, l'immersione.
In zona 2 accesso, navigazione, sosta, ancoraggio e immersione sono regolamentati dalla Direzione della Casa di Reclusione.