Capraia ha una superficie di 19,3 kmq risultando per estensione la terza isola dell'arcipelago. E' fra le realtà insulari più marittime, essendo situata a ben 54 km dalla costa continentale ad Est, mentre la Corsica dista circa 31 km ad  Ovest. A NN-E si trova Gorgona a circa 40 km ed alla stessa distanza a Sud è situata l'Elba.

Presenta una forma allungata simile a quella del Giglio ma leggermente più piccola: il territorio insulare è montuoso e collinare caratterizzato da una dorsale di rilievi, culminante nel Monte Castello a 445 metri slm, coincidente con  il maggiore asse isolano. Capraia è l'unica isola vulcanica dell'Arcipelago formatasi sui flutti circa nove milioni di anni fa con la nascita di un cono eruttivo successivamente fratturatosi con lo sprofondamento della parte occidentale, per cui oggi permane solo una scheggia della più antica struttura magmatica..

Quasi contemporaneamente al remoto cataclisma avvenne lo sviluppo di un più piccolo camino vulcanico presso l'odierna  Punta della Zenobito, dove le suggestive rocce rosse  che circondano la penisola rappresentano il susseguirsi delle antiche eruzioni.

La copertura vegetale dell'Isola è rappresentata da una macchia mediterranea medio-bassa, con alcuni piccole estensioni di lecceta. Interessante è la presenza di alcuni preziosi endemismi e specie tipiche del gruppo sardo-corso. La fauna terrestre è rappresentata da specie di piccole dimensioni, eccezion fatta per il muflone introdotto recentemente. Di grande rilevanza per gli appassionati è l'avifauna, stanziale e migratoria, con numerose specie di uccelli marini.

Capraia Isola è un Comune autonomo in Provincia di Livorno con una popolazione di circa trecento abitanti. Due sono i nuclei abitati che insistono presso la più vasta insenatura isolana: il porto, semplice e graziosa frazione marinara che si rispecchia nelle limpide acque capraiesi, ed il paese suggestivo borgo  costituito dalle tipiche case-fortezza e collegato dal principale asse stradale di poco più di 800 metri.

Zone tutelate
• A terra: quasi tutto il territorio (zona 2), eccetto il centro abitato. Sono tutelati anche gli isolotti La Peraiola, Le Formiche, Lo Scoglione, lo Scoglio del Gatto, e lo Scoglio della Manza.
• A mare: una parte di zona 1, compresa tra punta della Manza e Punta del Trattoio, il resto zona 2 eccetto la zona libera compresa tra la Punta del Porto Vecchio e quella della Bellavista (di fronte all'abitato). In zona 1 sono vietati l’accesso, la navigazione, la sosta, l’ancoraggio, la pesca e l’immersione. In zona 2 la pesca è regolamentata dall’Ente Parco.